El Cinefórum L’Atalante colabora con diversas organizaciones, tanto públicas como privadas. El hecho de que la asociación gestione el Aula de Cinema de la Universitat de València supone que muchas de las entidades con las que se establecen colaboraciones formen parte o estén vinculadas a la Universitat. IVAC-La Filmoteca es otro de los referentes con los que el Cinefórum L’Atalante trabaja habitualmente.